西双版纳州林业和草原局机关设9个内设机构和机关党委（人事科），即办公室、政策法规和行政审批科、生态保护修复科、森林资源管理科、自然保护地管理科、林业草原改革和产业发展科、规划财务科、森林草原防火科（2021年4月23日批复设立）、林业行政执法监督科（2021年4月23日批复设立）和机关党委（人事科），核定行政编制22名，正科级领导职数10名（含机关党委专职副书记1名），副科级领导职数1名，实有干部职工21人，其中：机关工勤人员1人。

所属参公事业单位1个：州林业和草原有害生物防治检疫站（州野生动植物保护中心）核定编制14名，实有14人。

所属公益一类正科级事业单位5个：州林长制事务中心核定编制5名，实有5人；州风景名胜区规划管理所核定编制6名（含党政储备人才专项编1名），实有9人；布龙州级自然保护区管护所核定编制25名，实有23人。

所属公益一类正处级事业单位1个：云南西双版纳国家级自然保护区管护局，主要负责24.25万公顷（占全州国土面积12.68%）的国家级自然保护区管护工作，局机关设6个内设机构，下设科学研究所、生态旅游管理所、亚洲象保护管理中心和勐养、勐仑、勐腊、尚勇、曼稿5个保护区管护所（公益一类事业单位，机构规格为正科级），西双版纳国家级自然保护区管护局核定编制238名，实有人员218人。